舞臺是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「紅之世界」的生命體NightflyO’Note的襲擊與侵略。17歲的主人公麻黃Akira就職為青之世界研究員，隨後因為能力出眾而被提拔為最前線的戰鬥指揮官，受命負責橫跨石垣島和西表島而構成的對位相外防衛機關，通稱「琉球LAG」。在那裏她遇見了在第五戰鬥單元經過激戰而全軍覆滅之後，於四年前成立的第六戰鬥單元「IS」的學生們。主人公作為教官，率領著又稱「Scared Rider Xechs」的6名騎手（Rider），共同浴血奮戰，應對來自異世界的攻擊和威脅。在這樣的生活中，他們的友情也在逐漸加深。